INTRODUCCION: El Departamento de Certificación de Semillas tiene encomendadas diversas materias que forman en su conjunto un solo cuerpo, regulando en primer lugar, todo lo relacionado con la producción y comercialización de semillas y  la interconexión entre el Registro de Variedades (Registro Nacional de Especies y Cultivares aptos para certificar) y el Registro Nacional de Criaderos, Semilleros y Comerciantes de Semillas, conformando un sistema por el que se reconocen derechos de propiedad y permisos de comercio y se armonizan los derechos de los productores, los agricultores y los consumidores.

En relación con la producción y comercialización de semillas y plantas de vivero, se establecen requisitos para la producción y comercialización, teniendo en cuenta la existencia de un mercado único que tiene como objetivo fomentar la calidad de las semillas y plantas de vivero que se utilizan en la agricultura, esta regulación se establece de forma armonizada con la Unión Aduanera Centroamericana.

El Registro de Variedades, trata de fomentar y poner a disposición de los agricultores, semillas y plantas de vivero de variedades cada vez más productivas y mejor adaptadas a las distintas condiciones que hay en el país relacionadas con el clima y suelo, lo que se consigue previa realización de un conjunto de trabajos y estudios de caracterización, producción, resistencia a enfermedades y calidad del producto final, concluyendo el proceso en la inscripción de las variedades, en el Registro respectivo.

Del mismo modo, se regula el cultivo de variedades modificadas genéticamente bajo la premisa de que estos no tienen por qué ser menos seguros que las variedades obtenidas mediante métodos genéticos tradicionales. Pero, al igual que en el caso de estos productos, su autorización y utilización ha de ser sometida a los principios de prevención y cautela para evaluar los potenciales efectos sobre la salud humana y el medio ambiente que pudieran derivarse del uso de las variedades que contienen modificaciones genéticas.

Con el fin de efectuar un seguimiento continuado de los efectos ligados a la introducción de variedades comerciales transgénicas y del cumplimiento de procedimientos, se crea el Reglamento de Bioseguridad con énfasis en plantas transgénicas, según acuerdo No.1570-98 en el mes de noviembre de 1998, en el mismo, se crea el Comité Nacional de Biotecnología y Bioseguridad, quien actúa como un órgano de estudio, evaluación, intercambio de información, propuesta y sobre todo, asesoramiento al Servicio Nacional de Sanidad Agropecuaria en el ejercicio de sus competencias.

La Ley para protección del derecho de los obtentores (Ley para la Protección de Obtenciones Vegetales), se espera que entre en vigencia a partir de junio del 2008 (tomando como base el Convenio de UPOV-91) y busca tener un impacto positivo en la economía nacional en general y en el sector agrícola en particular, que se concreta, en primer lugar, con la concesión del título de obtención vegetal sobre las variedades vegetales y en segundo lugar supone un estimulo a la investigación y finalmente el acceso de los agricultores a nuevas variedades cada más productivas.